Program Media dan Budaya Yayasan LKiS berupaya menciptakan ruang-ruang dialog untuk menumbuhkan sikap kritis masyarakat. Program-program yang dijalankan, dimaksudkan untuk mengajak masyarakat agar menjadi bagian dari upaya mewujudkan situasi kehidupan yang damai dan demokratis di tengah-tengah perbedaan yang ada.
Sejak tahun 2008 yang lalu, sasaran Program Media dan Budaya terarah pada dua bidang. Pertama, program pengenalan toleransi umat beragama untuk mahasiswa/masyarakat dengan kegiatan meliputi riset, diskusi publik, belajar bersama, membuat media advokasi demokrasi dan HAM, menerbitkan buku-buku untuk kampanye pluralism, dan bersama jaringan mengawal demokrasi pluralism di Indonesia. Kedua, pengenalan toleransi untuk pelajar tingkat SMA/sederajat. Program pengenalan toleransi umat beragama yang berkonsentrasu pada pendampingan komunitas remaja kreatif tingkat SMA/sederajat untuk bertemu dan berjejaring dengan teman-teman sebaya dari sekolah dan latar belakang yang berbeda-beda. Pendampingan ini berhasil membentuk komunitas remaja kreatif di 3 (tiga) kota: Komunitas Coret (Yogyakarta), Komunitas Jeda (Magelang), Komunitas Toelis dan Komunitas Potlot (Solo).