Telah menjadi visi lama kami untuk menempatkan agama, Islam khususnya, sebagai unsur kritik, bahkan pengabsah, pada ketidakadilan yang terjadi di masyarakat. Dalam kaitannya dengan kedudukan perempuan, terkesan agama dan budaya menjadi unsure pelaku dan pengabsahan dari sejumlah tindakan ketidakadilan dan kekerasan pada perempuan. Kami berpendapat, bahwa agama semestinya menjadi kekuatan pembebas sebagaimana fitrah awalnya, dan inilah pentingnya suatu pembelajaran yang kritis terhadap hubungan antara Islam dan kedudukan perempuan tersebut. Divisi Islam dan Gender dibuka untuk memenuhi unsure penting dari cita-cita keadilan dan kemajemukan, terutama dalam hal kedudukan kaum perempuan.
Sejak 2008, Program Islam dan Gender telah melakukan sejumlah pelatihan, pendampingan, riset dan advokasi berkaitan dengan peningkatan kesadaran gender, hak-hak reproduksi, penguatan ekonomi perempuan dan lainnya. Selain di Yogyakarta divisi ini memiliki kawasan dampingan di Solo, Magelang, dan Kulon Progo, serta beberapa kota lainnya.